Terdapat beberapa aksentuasi untuk melihat dinamika konflik di Mindanao Pertama, Mindanao sendiri merupakan sebuah gugusan kepulauan yang sebelum abad ke 20 didominasi oleh penduduk Muslim dengan berdirinya dua kasultanan besar yakni Kasultanan Sulu dan Maguindanao di sekiatar abad ke 13 M. Kedua kasultanan Islam di Mindanao ini ada kecederungan saling berkompetisi satu sama lain dalam memperebutkan pengaruh kepada sekitar 13 etnik yang ada di sekitar kepulauan Mindanao. Dalam konteks ini, ada kecenderungan konflik Mindanao merupakan cerminan konflik etnis, yakni antar komunitas etnis Muslim di Mindanao.
Aksentuasi yang kedua adalah konflik antara komunitas muslim Mindanao dengan komunitas etnis Visayas atau Filipino yang melakukan politik migrasi ke arah selatan. Perpindahan penduduk ini menjadi masalah yang serius tatkala sekelompok etnis Ilaga dengan dibantu oleh pasukan Filipina melakukan politik genocide di awal dekade 1970-an. Sejarah konflik ini juga masih mengedepankan corak konflik etnis, etnis Ilaga yang melakukan pembantaian kepada komunitas Muslim mengidentikan diri sebagai kelompok Katolik yang juga ada kecenderungan dibiarkan oleh pemerintahan Marcos sehingga dalam batas tertentu berkembang isu besar telah terjadi konflik antar agama di Mindanao sebagai sebuah cerminan dari perang Salib. Karena alasan inilah kemudian Nur Misuari melakukan internasionalisasi konflik Mindanao ke dunia Islam agar komunitas Islam memberikan bantuan bagi komunitas Islam Mindanao.
Aksentuasi ketiga, yakni telah terjadi pergeseran peta aktor konflik dari bentuk konflik etnis menjadi konflik separatism, yakni adanya keinginan dari masyarakat Muslim Mindanao yang kemudian mengidentifikasi diri sebagai Bangsamoro untuk melakukan politik pemisahan diri sebagai respon dari berbagai ketidakadilan yang diterima masyarakat Muslim Mindanao baik oleh pemerintah Filipina. Sehingga dalam bentuk perlawanan kepada pemerintah Filipina, masyarakat muslim Mindanao mempergunakan konsep Moro dibandingkan dengan Mindanao. Konflik yang bernuansakan separatisme ini berlangsung sangat lama, bahkan sampai saat ini gejala konflik di Mindanao lebih difahami sebagai bentuk konflik separatis dibandingkan dengan konflik primordialis. Ada kecenderungan besar bahwa sulit terselesaikannya konflik di Mindanao karena dalam konflik Mindanao telah melahirkan suatu lingkaran konflik yang kompleks baik dari sisi aktor, issue dan kepentingan-kepentingan baik nasional dan internasional bagi berlangsungnya konflik.
Aksentuasi yang keempat adalah semakin kompleksnya peta aktor konflik di Mindanao karena merupakan sebuah relasi konflik antar aktor dengan munculnya dua kekuatan besar yakni etnis Lumad, sebuah etnis local yang masih menganut agama local yang senantiasa mengidentifikasi diri sebagai fihak yang paling sah untuk mewarisi Mindanao dan ditambah dengan hadirnya kelompok bersenjata yang berhaluan komunis, NPA (National People Army). Sedangkan dari sisi komunitas muslim Mindanao juga semakin bervariasi semenjak diselenggarakannya perjanjian damai antara pemerintah Filipina dengan Muslim Mindanao, Tripoli Agreement 1971 yang justru menyebabkan timbulnya faksionalisasi dalam tubuh gerakan perlawanan MNLF (Moro National Liberation Front) dengan lahirnya organisasi perlawanan baru seperti MILF (Moro Islamic Liberation Front) dan ASG (Abu Sayyaf Group).