Merujuk analisis yang dikembangkan oleh Jayadeva terhadap fenomena pelembagaan negosiasi dalam penyelesaikan konflik etnis yang terkait dengan issue separatism, terdapat 4 masalah besar yang biasanya muncul:
Pertama, maximalisme of insurgent. Dalam konflik separatisme ada kecenderungan kelompok separatis memiliki tuntutan yang sulit untuk dikompromikan yakni pilihan untuk merdeka menjadi negara tersendiri dan menolak opsi-opsi lain yang lebih pragmatis. Sedangkan pemerintah yang berkuasa mengasosiasikan kelompok separatism sebagai kelompok yang harus ditumpas secara represif, sehingga upaya pelembagaan penyelesaian konflik separatism melalui jalur negosiasi dianggap tidak rasional.
Kedua, inflexibility of the State, ada kecenderungan bahwa regim pemerintahan memiliki keterbatasan periode kekuasaannya, dan seringkali paradigm penyelesaian konflik separatism antar regim pemerintahan seringkali berbeda, apakah akan menggunakan paradigma distributive atau paradigm problem solving. Kondisi ini difahami oleh kelompok separatism sebagai bentuk ketidakpastian akan kelanjutan dari serangkaian negosiasi yang telah atau sedang berjalan.
Ketiga, Fear of a Settlement, yakni fihak yang berkonflik seringkali mengalami perasaan ketakutan terhadap terselesaikannya suatu konflik. Dalam batas tertentu keberadaan konflik telah membuat eksistensi politik fihak-fihak yang berkonflik tetap bertahan dengan baik. Bagi fihak separatis, keberlangsungan konflik akan tetap menjaga kohesivitas kelompok untuk loyal kepada pemimpin separatism, termasuk juga didalamnya terus mengalirnya bantuan dan dukungan terhadap aksi separatisme tersebut. Bagi fihak pemerintah yang berkuasa, keberadaan konflik akan menjamin keuntungan ekonomi, terkait dengan besarnya anggaran militer yang akan dianggarkan dari budget nasional ataupun dan keuntungan politik bagi pemeintah yang berkuasa, terutama kelompok militer, terkait dengan asumsi bahwa hanya kelompok militer yang memiliki kapasitas yang memadai untuk menjamin integritas wilayah dan keamanan nasional. Kondisi inilah yang sering disebut sebagai fenomena violence entrepreneur, suatu fenomena di mana keberadaan konflik justru dipelihara oleh kelompok tertentu untuk keberlangsungan keuntungan ekonomi dan politik.
Keempat, Uncertainty of the Negotiation Outcome. Fihak-fihak yang berkonflik cenderung mengalami ketidakpastian akan hasil negosiasi itu sendiri itu. Kekhawatiran dari kelompok separatism terhadap negosiasi adalah apakah negosiasi hanya dijadikan alat bagi pemerintah yang berkuasa untuk melakukan aktivitas intelejen dan spionase secara terselubung, ataukah untuk kepentingan politik dari pemerintah yang berkuasa untuk dipergunakan memperoleh keuntungan politik yang lebih besar. Sedangkan bagi pemerintah yang berkuasa menghadapi kekhawatiran apakah hasil negosiasi tersebut dalam diterima oleh struktur politik dan system hukum di negara tersebut, dan apakah negosiasi tersebut hanya digunakan oleh kelompok separatism untuk melakukan relaksasi, internasionalisasi politik untuk mengumpulkan kekuatan dan sumber daya, demi mendapatkan keuntungan politik dan ekonomi yang lebih besar.