Malaysia merupakan struktur third parties yang juga terlibat dalam dinamika politik di Mindanao. Dalam konteks konstalasi politik Mindanao, terdapat kecenderungan bahwa Malaysia cenderung memiliki keterdekatan dengan faksi politik Mindanao yang berbasis MILF dibandingkan dengan MNLF. Keterdekatan Malaysia dengan MILF tidak dapat dilepaskan dari hubungan historis antara kasultanan Maguindanao yang menjadi basis politik MILF dengan masyarakat Melayu sebagaimana yang sudah dijelaskan dalam Bab II.
“Malaysia’s facilitation, aside from being host, usually involved the following functions: go-between conveying positions of the parties; providing a conducive atmosphere and facilities; presence in the talks as ‘referee’ and to witness commitments and understandings; help bridge differences by shuttling between the parties; administration of the talks; and record and keep minutes, to detail what had actually been agreed upon.”

Malaysia terlibat secara aktif dalam seri negosiasi antara MILF dengan pemerintah Filipina semenjak tahun 1998, di mana pemerintahan Estrada mulai mempertimbangkan MILF sebagai faksi yang representatif di Mindanao dibandingkan dengan MNLF. Malaysia juga terlibat dalam menfasilitasi negosiasi antara MILF dan pemerintahan Aroyyo yang mencapai kesepakatan seperti dalam Final Peace Agremment 2003, meski kemudian juga mengalami kegagalan dalam penyelesaian konflik Mindanao.

the GRP invited Malaysia to facilitate the negotiations that the MILF agreed to go back to the negotiation table. The shuttling diplomacy of Malaysia’s representative broke the impasse. MILF chairman Salamat Hashim agreed to resume talks with the government when assured by the Malaysian representative that the issue of sovereignty and territorial integrity of the Philippines and other constitutional issues will not be raised in the negotiations, at the same time the MILF will not bring up the issue of Bangsamoro independence.

Pada tahun 2008, Malaysia kembali menfasilitasi negosiasi antara pemerintah Aroyyo dengan MILF. Dalam negosiasi ini, pemerintah Aroyyo melakukan kebijakan yang mirip dengan yang ditempuh oleh Fidel Ramos di tahun 1996, di mana issue Charter of Change ditawarkan oleh Aroyyo untuk menghindari kebuntuan dalam negosiasi dengan MILF. Meskipun akhirnya perundingan tersebut menemui jalan buntu tatkala Supreme of Court Filipina membatalkan hasil perundingan.
Pemerintah Malaysia kembali terlibat dalam menfasilitasi pembicaraan damai antara pemerintah Filipina dengan MILF, yang diinisiasi pada 14 November 2009. Untuk menjamin proses pembicaraan damai tidak mengalami kebuntuan lagi, maka pemerintah Malaysia atas persetujuan dari pemerintah Filipina dan MILF membentuk International Contact Group (ICG) yang terdiri dari beberapa Negara seperti Inggris, Kanada, Jepang, dan Turki serta beberapa non governmental organization seperti Muhammadiyah , Human Conciliation, Asia Foundation dan Henry Dunant Center.
Kepentingan utama Malaysia dalam dinamika politik dan perdamaian di Mindanao dilandasi beberapa kepentingan besar. Pertama, Malaysia berkepentingan untuk mengamankan posisi perbatasan terkait dengan sengketa perbatasan antara pemerintah Filipina dengan Malaysia di wilayah Sabah. Sebagaimana diketahui, pemerintah Filipina pada tahun 1967 telah melakukan infiltrasi ke wilayah Sabah yang kemudian berakhir dengan peristiwa Jabidah. Trauma pengalaman infiltrasi Filipina ke wilayah perbatasan membuat Malaysia cenderung bersikap proaktif untuk terlibat dalam penyelesaian konflik di Mindanao.
Kedua, Konflik di Mindanao yang relatif berdekatan dengan wilayah Malaysia seringkali menimbulkan kerawanan terkait dengan proses migrasi pengungsi dari Mindanao ke wilayah Malaysia. Untuk mencegah arus pengungsi Mindanao ke wilayah Malaysia, pemerintah Malaysia semenjak Tunku Abdulrahman mengembangkan kebijakan yang responsif terhadap dinamika perdamaian di Mindanao.
Kuala Lumpur responded positively to Manila’s request as peaceful and progressive neighbors will be to the interest of Malaysia’s fast developing economy. The Sipadan kidnapping by the Abu Sayyaf Group showed the capability of terrorists to cross borders and caused harmful effect to Malaysia’s tourism industry. The State of Sabah has been host to hundreds of thousand of refugees from South Philippines since the war broke out in 1971 and this has caused security problem to the state.
Malaysia juga memainkan kartu truff untuk mendesak MILF maupun pemerintah Filipina agar secara konsisten dalam membangun pelembagaan penyelesaian konflik di Mindanao. Pemerintah Malaysia menunjukan proses kooperatif dengan pemerintah Filipina, tatkala pemerintah Malaysia melakukan ekstradiksi terhadap Nur Misuari yang melarikan diri ke Malaysia pasca melakukan pemberontakan dan serangan bersenjata di Jolo tahun 2001. Penyerahan Nur Misuari dimaknai sebagai upaya diplomatic Malaysia agar Filipina bersedia bekerjasama dalam proses penyelesaian konflik perbatasan terkait dengan konflik Mindanao.
Dalam pembicaraan damai antara Pemerintah Filipina dan MILF, pemerintah Malaysia mendesak kepada MILF untuk menyampaikan artikulasi kepentingan yang kondusif bagi penciptaan kelembagaan penyelesaian politik di Mindanao. Dalam sesi perundingan 20-21 Maret 2010 di Kualalumpur, pemerintah Malaysia menekan dan mempersuasi MILF agar tidak withdraw dari pembicaraan damai, karena beberapa kepentingan yang diperjuangkan oleh MILF mulai diakomodasi oleh pemerintah Filipina. Malaysia bahkan mengancam tidak akan menfasilitasi MILF dalam melakukan perundingan damai dengan pemerintah Filipina.
Dalam konteks pelembagaan penyelesaian konflik Mindanao melalui Final Peace Agreement 1996, Malaysia tidak banyak memainkan peran penting. Hal ini terkait dengan kesepakatan antara Indonesia dan Malaysia untuk memainkan peran fasililator sesuai dengan harapan fihak-fihak yang berkonflik, baik karena alasan sosiologis, politis, ekonomis maupun historis. Indonesia akan lebih banyak berperan mediasi negosiasi antara Pemerintah Filipina maupun MNLF, sedangkan Malaysia akan lebih banyak berperan mediasi negosiasi antara pemerintah Filipina dan MILF.
Namun bagi pemerintah Filipina maupun MNLF, posisi Malaysia tetap sangat dibutuhkan untuk menciptakan situasi kondusif dengan melakukan lobi-lobi kepada MILF untuk bersikap moderat terhadap proses negosiasi antara MNLF dan Pemerintah Filipina. Yang paling dikhawatirkan adalah tatkala Malaysia justru memainkan kartu MILF untuk menganggu proses negosiasi terkait kekhawatiran hasil negosiasi antara MNLF dan Pemerintah Filipina yang akan merugikan kepentingan Malaysia di perbatasannya dengan Filipina. Kekhawatiran ini sempat mengemuka tatkala MILF melakukan demonstrasi dan mobilisasi masyarakat di Maguindanao untuk menentang proses negosiasi, bahkan melakukan pemboikotan terhadap upaya konsultasi public yang dilakukan MNLF dan pemerintah Fidel Ramos di propinsi Maguindanao, maupun Lanao del Sur.