Dalam konteks aksi perundingan damai, Organisasi Konferensi Islam lebih banyak berkiprah dalam penyelesaian konflik di Mindanao dibandingkan dengan wilayah konflik di area dunia Islam yang lain. Studi dari Zulkifli Wadi menunjukkan bahwa Organisasi Konferensi Islam menempatkan perundingan damai dalam penyelesaian konflik Mindanao sebagai masterpiece penyelesaian konflik etnis di dunia Islam. Hal ini ditandai dengan keterlibatan Organisasi Konferensi Islam dalam beragam seri perundingan damai, semenjak Tripoli Agreement 1976 sampai dengan 1996. Bahkan dalam setiap Konferensi Tingkat Tinggi Organisasi Konferensi Islam, agenda penyelesaian konflik Mindanao selalu menjadi issue yang dibahas.

The OIC started to assume mediation role after the Kuala Lumpur meeting on June 21-25, 1974. It also went to the extent of suggesting a framework of resolving the conflict, and that is through negotiation with the MNLF to arrive at political and peaceful solution within the sovereignty and territorial integrity of the GRP. The OIC used also power mediation. During its meeting in Benghazi, Libya in 1973 the OIC created the Quadripartite Ministerial Committee with the mandate of looking into the conditions of the Muslims in South Philippines, a signal to the GRP that it was not taking the situation of the Muslims lightly. This was reinforced with the recognition of the MNLF as sole legitimate representative organization of the Muslims in the Philippines and its acceptance as observer in the OIC in 1977 .
MNLF dalam konteks tertentu juga sangat tergantung kepada Organisasi Konferensi Islam dalam mengartikulasikan kepentingan MNLF maupun Bangsamoro. Hal ini ditandai dengan fakta-fakta berikut; pertama, Nur Misuari senantiasa meminta bantuan OIC untuk turut serta melakukan monitoring dan mengambil sikap atas kebijakan Filipina yang mulai tidak taat terhadap kesepakatan dalam Tripoli Agreement 1976 maupun dalam Jeddah Accord 1987. Upaya Nur Misuari ini mendapatkan respon psotif dari beberapa anggota Organisasi Konferensi Islam, Iran mengambil respon secara reaktif dengan menyatakan akan mengembargo terhadap ekspor minyak ke Filipina. Langkah serupa ditempuh oleh Arab Saudi dan Libya menyikapi ketidakseriusan pemerintah Filipina dalam mengimplementasikan butir-butir kesepakatan yang tertuang dalam Tripoli Agreement 1976.
Kedua, Organisasi Konferensi Islam memiliki peran penting bagi artikulasi politik Bangsamoro di Mindanao pada umumnya, dan artikulasi MNLF pada khususnya melalui pemberian hak observer kepada MNLF dalam struktur kelembagaan Organisasi Konferensi Islam. Organisasi Konferensi Islam juga berperan penting untuk menempatkan MNLF sebagai representasi politik Bangsamoro dalam setiap perundingan damai untuk penyelesaian konflik Mindanao. Pemberian hak khusus terhadap MNLF memungkinkan MNLF melakukan berbagai manuver politik dalam proses internasionalisasi konflik Mindanao, yang dalam batas tertentu dapat dipergunakan oleh para elit MNLF untuk melakukan bargaining politik di internal Bangsamoro ataupun dengan pemerintah Filipina.
OIC’s interest in the peaceful settlement of the Mindanao conflict that involves the Muslim minority and predominantly Christian national government, Wadi (1993) argues, was because part of its mandates as pan-Islamic organization are to promote Islamic solidarity and peaceful settlement of disputes. As reflected in its various resolutions, the OIC is of the opinion that peaceful settlement of the dispute will be to the best interest of the Muslims in South Philippines

Dalam konteks Final Peace Agreement 1996, sesungguhnya Fidel Ramos mengalami dilemma dalam menyelesaikan konflik Mindanao, apakah akan bernegosiasi dengan MNLF ataupun MILF. Secara defakto MILF diyakini banyak kalangan di Filipina memiliki representasi yang lebih besar sebagai representasi Bangsamoro, namun secara legal-internasional, MNLF memiliki hak khusus dalam Organisasi Konferensi Islam sebagai wakil resmi Bangsamoro. Akhirnya, Fidel Ramos lebih memilih MNLF dibandingkan MILF dengan argumen besar MNLF memiliki relasi dengan Organisasi Konferensi Islam dan dunia Islam.
Bagi pemerintah Filipina, Organisasi Konferensi Islam relatif ditempatkan sebagai mitra dibandingkan sebagai ancaman dalam proses penyelesaian konflik Mindanao. Pandangan ini tercermin dalam studi dari Saleem Adam dan Zulkifli Wadi yang menunjukkan bahwa Organisasi Konferensi Islam dapat berperan sebagai fasilitator yang netral, di mana Organisasi Konferensi Islam lebih mengedepankan diplomasi yang berbasis musyawarah dan mufatkat, bukan diplomasi yang berwatak distributif untuk membela kepentingan muslim Mindanao semata.
Sikap kooperatif Organisasi Konferensi Islam terhadap pemerintah Filipina tercermin dari pandangan Organisasi Konferensi Islam tatkala melakukan kunjungan dan monitoring situasi Mindanao di tahun 1994. The “Final Statement” of the OIC summit held in Morocco records with satisfaction the positive developments in the situation of the Muslims in the Philippines
Namun, Organisasi Konferensi Islam juga melakukan tekanan serius baik terhadap MNLF maupun pemerintah Filipina terkait dengan seringnya deadlock dalam perundingan damai, maupun ketidakkonsistenan terhadap kesepakatan yang telah disepakat sebelumnya. Hal ini ditandai dengan beberapa fakta berikut:
Pertama, upaya Nur Misuari untuk kembali mengangkat senjata kemudian ditentang oleh banyak kalangan, terutama dari OKI dan Negara-negara yang selama ini menfasilitasi MNLF. Bahkan Libya, dan pemerintahan Malaysia mengancam akan menghentikan bantuan kepada MNLF jika MNLF keluar dari kesepakatan dalam Tripoli 1976.
Kedua, Organisasi Konferensi Islam akan mencabut status MNLF sebagai observer dalam OKI, dan menggantinya dengan MILF atau bahkan menarik status MNLF sebagai representatif Bangsamoro dalam perundingan internasional jika MNLF masih terus melakukan aksi kekerasan untuk melakukan pemisahan diri dari Filipina. Ancaman ini sedemikian rupa efektif untuk mengendalikan perilaku politik Misuari yang mulai bersikap pragmatis elitis dalam memaknai perundingan damai dengan pemerintah Filipina.
Ketiga, Organisasi Konferensi Islam juga mendesak kepada MNLF agar meninggalkan idiom-idiom perjuangan Bangsamoro dari idiom komunisme. Desakan ini terkait dengan kebijakan politik Misuari yang akan mengembangkan strategi tiga kaki, yakni dukungan dari dunia Islam melalui Organisasi Konferensi Islam, dukungan dari Sosialisme Arab melalui Libia, dan dukungan dari kelompok Komunisme melalui China. Bahkan Organisasi Konferensi Islam mengancam akan menempatkan MILF sebagai observer politik Bangsamoro di Organisasi Konferensi Islam.
Keempat, Organisasi Konferensi Islam juga mendesak kepada pemerintah Filipina agar secara serius meningkatkan kesejahteraan di Mindanao. Organisasi Konferensi Islam tidak mampu mengelola radikalisasi politik di Mindanao jika pemerintah Filipina masih terus mengembangkan kebijakan represif dan diskriminatif terhadap artikulasi identitas Bangsamoro Moro.