Surwandono telah melakukan studi untuk mengidentifikasi diskursus pemikiran Islam modern yang berkembang di dunia Islam. Pertama, Kalangan-kalangan yang ingin meletakkan usaha permurnian ajaran Islam (Purifikasi) sebagai jalan satu-satunya untuk mengaktualkan kapasitas pemikiran Islam dalam dialektika peradaban. Ada kecenderungan kalangan ini bersikap selektif bahkan sampai menolak pemikiran Barat, dalam kerangka pembangunan masyarakat. Pemikiran ini sedikit banyak mendapatkan pengaruh dari pemikiran Imam Hambali, Ibnu Taimiyyah, di masa klasik, dan gerakan purifikasi tampak difahami sebagai sarana mengembalikan kejayaan Islam di masa sebelumnya di era modern.
Kedua, kalangan yang melakukan kritik terhadap pemahaman Islam yang berbasis Puritanism. Kelompok ini cenderung bersikap akomodatif kepada Barat, sebagai sarana untuk membangkitkan Islam, dengan meniru model Barat dan membangun peradaban yang selaras dengan tradisi Renaisance. Pandangan ini menemukan titik sentralnya dalam tulisan politik Islam sekuler pertama yang dilakukan oleh Ali Abdul Raziq, seorang hakim syari’ah dan dosen di Al-Azhar dalam Kitabnya Al-Islam Al-Ushul Wa Al-Hukmi. Dengan gerakan ini maka pengadopsian pemikiran Barat menjadi salah satu kebutuhan yang mendasar untuk membangun masyarakat Islam.
Studi tentang arti penting dan proses pelembagaan dalam mensikapi perbedaan pemikiran telah dilakukan oleh banyak ulama, dari ulama klasik (salaf) sampai dengan ulama modern (khalaf). Dalam pandangan Muhammad Abu Zahrah, perselisihan pendapat biasanya lebih disebabkan oleh kepada pemaknaan dari sumber, baik dari tingkat penafsiran maupun kuat tidaknya sandaran (hujjah) dari sumber kebenaran. Sehingga kita mengenal konsep perbedaan yang sifatnya furi’iyyah (cabang, bagian) maupun sifatnya pokok (aqidah).
Studi tentang upaya pelembagaan perbedaan pemikiran keislaman sudah diawali oleh Yusuf Qardhawy yang memperkenalkan konsep fiqh ikhtilaf. Dalam pandangannya, upaya pelembagaan dalam mendiskursuskan pemikiran keislaman diawali dengan melakukan kategorisasi yang tegas dalam ruang perbedaan. Pertama, perbedaan yang disebabkan karena faktor akhlaq dan kedua, perbedaan yang disebabkan karena faktor pemikiran.
Perbedaan karena faktor akhlaq, diposisikan sebagai bentuk perbedaan yang merusak di mana seringkali dilandasi oleh sifat membanggakan diri, buruk sangka pada fihak lain, egoisme dan menuruti hawa nafsu, fanatik kepada golongan atau mazhab, fanatik kepada negeri, daerah, partai, jama’ah atau pemimpin. Sedangkan perbedaan disebabkan faktor pemikiran merupakan sebuah kemestian di dalam Islam. Dalam pandangan Qardhawy, perbedaan karena masalah pemikiran bisa dimengerti dan bisa diterima karena sebab-sebab berikut:
Pertama, Tabiat Agama Islam, hal ini disebabkan oleh karakter hukum Islam yang mempunyai sifat manshuh ‘alaih (ditegaskan dengan eksplisit) dan ada pula yang maskut’anhu (ditegaskan dengan implisit). Juga diketemukan hukum atau ayat yang muhkamat (jelas, terperinci) ataupun yang mutasyabihat (tersembunyi, dan perlu ta’wil lebih jauh). Ada juga yang mempunyai sifat qath’iyyah (pasti) atau dhanniyat (belum pasti), ada yang sharih (jelas) ada juga yang mu’awwal (memungkinkan penafsiran). Misal dalam konteks pemikiran politik tentang posisi shariah dalam negara, terdapat kelompok yang menyatakan wajib penerapan shariah secara formal, sedangkan kelompok yang lain menempatkan posisi shariah hanya sebatas optional.
Kedua, Tabiat Bahasa (Arab), bahasa utama yang digunakan dalam sumber kebenaran Islam adalah bahasa Arab. Dalam studi bahasa Arab, terutama dalam perbincangan dalam lafazh, ada kecenderungan lafazh yang mempunyai banyak arti (musytarak) dan ada yang memiliki makna majas (kiasan). Ada juga lafazh yang mempunyai sifat khash (khusus) adapula yang mempunyai sifat ‘aam. Ada lafazh yang mempunyai sifat rajih (kuat) ada yang kurang kuat (marjuhah).
Sangat bervariasinya makna sebuah lafazh dalam bahasa Arab, menyebabkan seseorang dalam memahami sebuah ayat ataupun hadits seringkali berbeda, karena yang satu menggunakan makna dasar sedangkan yang lainnya menggunakan makna kias. Semisal dalam konteks sejarah Islam, terdapat perbedaan yang signifikan dalam perkara kedudukan perempuan sebagai pemimpin politik, sebagian besar Imam memahami hadits tentang kepemimpinan dalam politik dalam konteks keumuman lafadz, sehingga fatwa tentang kepemimpinan perempuan dalam politik menjadi lebih konservatif. Sedangkan dalam pandangan Imam Abbas, memberikan ruang terbuka untuk memahami hadits dengan menggunakan kekhususan sebab, sehingga fatwa tentang kepemimpinan perempuan dalam politik menjadi lebih terbuka.
Ketiga, Tabiat Manusia, dalam mensikapi hukum Islam yang plural, kebanyakan manusia menuruti kecenderungan yang selaras dengan kondisi yang melekat dengan dirinya, maupun pengalaman terstruktur yang selama ini membentuk pola fikir seseorang. Perbedaan sifat-sifat manusia dan kecenderungan psikologisnya ini akan mengakibatkan perbedaan mereka dalam menilai sesuatu, baik dalam sikap dan perbuatan. Perbedaan karena masalah tabiat manusia adalah sesuatu yang niscaya, sehingga dalam contoh sejarah Islam, ada kecenderungan terdapat perbedaan artikulasi Islam dalam 4 sahabat Khulafaur Rasyidin, yakni Abu Bakar, Umar bin Khattab, Ustman bin Affan maupun Ali bin Abi Thalib. Rasulullah membiarkan perbedaan artikulasi Islam, dan difahami sebagai sesuatu yang alamiah, sepanjang tidak keluar dari nilai dasar Islam.
Keempat, Tabiat Alam dan kehidupan, tabiat alam yang ditempati manusia mempunyai corak topografi, geografi, iklim dan cuaca yang berbeda. Perbedaan lingkungan memberikan pengaruh yang cukup besar dalam pemikiran seseorang, semisal orang yang tinggal di gurun pasir mungkin akan berbeda dengan orang yang tinggal di desa yang subur. Mazhab fiqh seringkali berbeda tidak bisa dilepaskan dari kondisi alam sekitar yang memang menghendaki pemikiran lebih lanjut (kontekstual). Semisal, Imam Syafi’I membuat fatwa yang berbeda karena perbedaan wilayah atau geografis, dalam kitab qaul qadim wa qaul jaddid.
Organisasi ekstra kampus berbasis Islam di Yogyakarta menyadari tentang arti penting fiqh perbedaan dalam mendiskursuskan issue sensitive seperti liberalisasi dan fundamentalisasi. Hal ini ditandai dengan penilaian antar aktivis yang menganggap keberadaan organisasi ekstra yang lain sebagai mitra, dan lebih memilih gaya akomodatif dalam berkonflik. Meskipun juga ditemukan bahwa terdapat pilihan peyoratif terhadap beberapa organisasi ekstra kampus yang dianggap seringkali tidak dapat membaur dengan aktivitas bersama organisasi ekstra kampus dalam mensikapi aksi-aksi politik.
Terdapat temuan yang menarik; pertama, pilihan akomodarif dalam mendiskursuskan issue fundamentalisasi dan liberalisasi pemikiran bukan disebabkan oleh kuat dan mendalamnya pemahaman aktivis organisasi ekstra kampus terhadap konsep fiqh perbedaan. Hal ini ditandai dengan banyaknya aktivis organisasi ekstra kampus yang tidak memahami fiqh perbedaan secara konseptual. Pilihan untuk mengembangkan sikap akomodatif dan cair terhadap organisasi ekstra kampus berbasis Islam tidak dapat dilepaskan dari cairnya idiologisasi dalam proses kaderisasi anggota sebagai akibat dari minimnya jumlah mahasiswa yang tertarik untuk bergabung dengan organisasi ekstra kampus.
Kedua, issue sekularisasi dan fundamentalisasi pemikiran diyakini oleh para aktivis bukan lagi sebagai issue yang sexy dan substantive untuk mengakselerasi pertumbuhan organisasi ekstra kampus. Mendiskursuskan issue liberalisasi dan fundamentalisasi pemikiran Islam secara berlebihan dalam bentuk konflik idiologis justru akan mengguras energy dari organiasi ekstra kampus yang sedang mengalami problem serius dalam perkaderan. Mengartikulasikan diskursus liberalisasi dan fundamentaliasai dalam bentuk politik praktis yang bersifat “hitam putih” yang rentan berwatak konfrontatif justru akan menyebabkan citra organisasi ekstra kampus semakin terpuruk. Bagi aktivis organisasi ekstra kampus, bahwa bangunan organisasi ekstra kampus lebih sebagai “ruang berlatih” politik praktis dibandingkan dengan melakukan ”intellectual exercise” dalam diskursus idiologis.