Dinamika pemikiran keislaman di organisasi ekstra kampus berbasis Islam mengalami pasang surut yang cukup serius. Di era 1970-1990, polarisasi pemikiran organisasi ekstra kampus sedemikian rupa kuat. Organisasi ekstra kampus berbasis Islam di Indonesia sesungguhnya merupakan ruang artikulasi pemikiran Islam dalam bermasyarakat dan bernegara. Pencantuman kata “Islam” maupun yang semakna dengannya seperti Muslim maupun Muhammadiyah, dapat difahami sebagai upaya membangun identitas yang unik. Sebagaimana diketahui, organisasi Islam yang berbasis Cipayung, terdapat GMNI yang mengaktualkan nilai identitas Nasionalis, dan PMKRI, yang mengaktualkan nilai ekslusivitas Kristen. Sehingga, dalam konteks pemikiran di era 1960-1970-an, terdapat kecenderungan bahwa organisasi ekstra kampus berbasis Islam, cenderung dapat dikategorikan sebagai organisasi yang lebih mengartikulasikan pemikiran Islam yang berbasis kanan tengah.
Namun, dinamika perubahan social politik di Indonesia sedemikian cepat, terutama pasca terbentuknya regim Orde Baru, di mana Negara mengembangkan kebijakan korporatisme. Pilihan kebijakan Negara korporatis adalah Negara memiliki otoritas untuk terlibat dalam issue privat dari masyarakat. Salah satu issue yang kemudian dikembangkan adalah internalisasi nilai Pancasila sebagai satu-satunya sumber dan asas hokum bagi organisasi social dan politik di Indonesia.
Pilihan kebijakan ini menyebabkan, perpecahan di dalam organisasi kemahasiswaan yang berbasis Islam. Perpecahan HMI menjadi a HMI MPO dan Dipo, tidak bisa dilepaskan dari proses mendiskursuskan tentang keberadaan Pancasila sebagai asas tunggal organisasi social dan politik di Indonesia. HMI Dipo menyakini bahwa penerimaan Pancasila sebagai asas organisasi menggantikan asas Islam bukanlah masalah substantive. Namun, bagi kalangan aktivis HMI MPO, penerimaan Pancasila sebagai asas tunggal organisasi Islam akan berpengaruh terhadap garis perjuangan organisasi. Aktivis HMI yang menolak asas tunggal kemudian berhimpun ke dalam Majelis Penyelamat Organisasi (MPO). Kelompok MPO ini kemudian lebih dikenal sebagai kelompok yang memaknai pemikiran Keislaman dalam prinsip-prinsip fundamental. Sedangkan kelompok HMI Tunas Bangsa (Dipo) lebih dikenal sebagai kelompok yang mengembangkan pemaknaan Islam secara substansial.
Hampir serupa dengan HMI, organisasi ekstra kampus berbasis Islam lainnya juga mengalami kontraksi yang serius. Di PMII, pada tahun 1995, terdapat aspirasi untuk menghilangkan kata Islam untuk menunjukkan watak inklusivitas, sehingga hanya menjadi PMI (Pergerakan Mahasiswa Indonesia). Inklusivitas akan membuat ruang gerak organisasi menjadi lebih dinamis dan mengurangi kecurigaan berlebihan terhadap proses politik pada organisasi ekstra kampus. Namun, masih terdapat aktivis yang memandang bahwa memaknai inklusivitas gerakan tidak harus menghapus kata Islam dalam struktur nama organisasi.
Dinamika di IMM, juga tidak banyak berbeda. Organisasi otonom dari Muhammadiyyah juga mengalami diskursus yang cukup serius. Ada kecenderungan, mainstream yang berkembang di IMM adalah nalar purifikasi yang menjadi landasan idiologis Muhammadiyah. Namun dalam perkembangannya, tarikan-tarikan pemikiran yang berbasis liberal juga memberikan pengaruh yang signifikan dalam organisasi. Kelompok aktivis di IMM yang yang mengaktualisasikan pemikiran yang memberikan ruang yang luas untuk berfikir bebas kemudian membentuk kelompok yang kemudian dikenal dengan JIMM (Jaringan Intelektual Muda Muhammadiyah).
Berdasarkan riset lapangan terhadap para aktivis organisasi ekstra kampus, terutama aktivis yang bergerak di bidang idiologisasi dan perkaderan, terdapat beberapa temuan penelitian yang menarik tentang peta idiologi dari aktivis organisasi ekstra kampus berbasis Islam. Pertama, dalam spektrum idiologi dan pemikiran organisasi Ekstra Kampus di Yogyakarta menunjukan gejala yang relative seragam di antara organisasi ekstra kampus yang berbasis Islam. Bahkan dalam ruang politik kaderisasi, ada kecenderungan organisasi ekstra kampus tidak melakukan politik idiologisasi dan indoktrinasi secara ketat. HMI MPO, yang selama ini mencerminkan sebagai organisasi yang banyak mendiskursuskan Islam yang bergaya fundamental, dalam batas tertentu juga ramah mendiskursuskan pemikiran yang bergaya liberal. HMI Dipo (Tunas Bangsa), PMII dan IMM juga cukup ramah untuk mendiskursuskan pemikiran fundamental dan liberal. Sehingga agak sulit melakukan kategorisasi idiologisasi dari organisasi ekstra kampus secara deskrit. Sedangkan KAMMI tetap ramah untuk mendiskursuskan pemikiran fundamental dibandingkan dengan liberal.
Pada dataran pemikiran tokoh yang didiskursuskan, terdapat kecenderungan besar bahwa aktivisis organisasi ekstra kampus lebih ramah dalam mendiskursuskan pemikiran dari tokoh-tokoh internasional dibandingkan dengan tokoh-tokoh domestic yang selama ini menjadi rujukan berfikir. HMI MPO yang selama ini banyak diintrodusir oleh pemikiran Natsir maupun Ridwan Saidi, ternyata para aktivis HMI MPO juga tidak banyak mengenal tokoh dan pemikirannya. Hal serupa juga terjadi di HMI Tunas Bangsa, di mana pemikiran monumental dari Nur Cholis Madjid juga tidak banyak didiskuruskan ulang. Aktivis IMM maupun PMII juga menunjukkan hal yang serupa di mana tokoh seperti Amin Rais, Syafi’I Ma’arif, Ahmad Dahlan, maupun Gus Dur, Hasyim Asy’ari juga tidak banyak didiskursuskan. Nama-nama seperti Ali Syari’ati, Hasan Hanafi, Mohammad Arkoun, Hasan Al-Banna, Tariq Ramadhan, Osamah bin Laden, ternyata lebih banyak didiskursuskan aktivis dibandingkan dengan tokoh-tokoh Islam di Indonesia.
Dari sinilah kemudian ditemukan sebuah titik temu jawaban, bahwa tidak banyak perbedaan idiologis yang signifikan dalam mendiskursuskan pemikiran keislaman, ternyata lebih banyak dipengaruhi oleh “relative” seragamnya bacaan yang dikonsumsi oleh para aktivis. Ruang-ruang idiologis dalam bentuk perkaderan juga tidak banyak berkontribusi dalam penanaman idiologis dari tokoh-tokoh Islam di Indonesia. Hal ini juga tidak dapat dilepaskan dari “tidak massifnya” aktualisasi pemikiran tokoh Islam di Indonesia yang diterbitkan dalam bentuk buku-buku idiologis, ataupun tidak massif para pemikir Islam Indonesia untuk mendiskursuskan pemikiran keislaman, berbanding terbalik dengan banyaknya publikasi dari pemikiran tokoh Islam internasional.
Pada sisi yang lain, tidak massif indoktrinasi idiologi secara rigid dalam struktur pengkaderan, juga disebabkan oleh pilihan politik yang rasional di tengah keterbukaan arus informasi yang menyebabkan kesenjangan struktur pengetahuan antara kader dan yang akan dikader sedemikian rendah dan sangat sedikitnya minat mahasiswa untuk bergabung dalam organisasi ekstra kampus. Pemaksaan terhadap doktrin idiologi tertentu justru akan menyebabkan kader baru akan meninggalkan organisasi kader.
Hal yang masih menunjukan keunikan dalam idiologi adalah KAMMI. Bagi sebagian aktivis organisasi ekstra kampus, proses pengkaderan KAMMI masih menunjukan pola indoktrinasi dan penanaman militansi organisasi yang kuat. KAMMI dianggap sebagai organisasi yang lebih banyak mendiskursuskan pemikiran berbasis fundamental, dan memiliki basis keanggotaan yang relative banyak di kampus-kampus umum, seperti di UGM maupun UNY. Gaya berfikir dan berperilaku politik yang dianggap fundamental tersebut kemudian direspon oleh organisasi ekstra kampus berbasis Islam dalam konteks praksis politik di kampus cenderung menjadi “out-sider” sehingga seringkali tidak terlibat atau bahkan tidak dilibatkan dalam aksi bersama yang diadakan oleh organisasi kelompok Cipayung.