Sebagai Organsisasi massa terbesar kedua di Jawa timur, Muhammadiyah tetap mempunyai posisi yang strategis dan mungkin akan menentukan hasil akhir Pilkada. Jumlah anggota Muhammadiyah yang relatif banyak membuat Organisasi ini harus membuat aturan yang tegas mengenai sikap Muhammadiyah secara kelembagaan. Sikap yang tegas dan menentukan posisi Muhamadiyah ini akan menjadi pedoman bagi anggota dalam menentukan sikap pada Pilkada Jatim tersebut.
Ketegasan sikap dan posisi Muhammadiyah dalam setiap pilkada tampaknya sudah di apresiasi oleh Pimpinan Pusat Muhammadiyah dengan mengeluarkan surat keputusan tentang posisi Muhammadiyah dalam Pilkada. SK itu adalah Surat Keputusan Pimpinan Pusat Muhammadiyah (SKPPM) Nomor 61/KEP/1.0/B/2008 tentang Kebijakan Pimpinan Pusat Muhammadiyah dalam Menghadapi Pemilihan Kepala Daerah yang ditetapkan di Yogyakarta 17 Rabiul’Awal 1429 H/25 Maret 2008, ditandantangani Ketua Umum Prof. Dr. H.M. Din Syamsuddin, MA dan Sekretaris Umum Drs. H.A. Rosyad Saleh. Terdapat 9 butir substansi yang termaktub dalam SKPPM ini.
Posisi Muhamadiyah ditempatkan sebagai institusi ummat yang bebas dari kepentingan politik merebut posisi kekuasaan lokal. Ini termaktub di dalam SK tadi dalam butir (1), bahwa pimpinan peryarikatan beserta majelis, lembaga, organisasi otonom, amal usaha, dan institusi-institusi lainnya yang berada dalam lingkungan Muhammadiyah tidak diperbolehkan melibatkan organisasi/Persyarikatan untuk kepentingan mendukung atau menolak calon-calon Gubernur/Wakil Gubernur, Walikota/Wakil Walikota, Bupati/Wakil Bupati dan jabatan-jabatan publik/politik lainnya dalam Pilkada di setiap tingkatan, baik secara langsung maupun melalui kerjasama dengan partai politik/dan atau tim sukses setiap calon dalam Pilkada tersebut. Selanjutnya tidak diperbolehkan menggunakan lambang/simbol, fasilitas, dana, dan infrastukruktur yang dimiliki Persyarikatan dalam kegiatan Pilkada tersebut.
Akan tetapi pada butir (2) dikatakan, bahwa jika diperlukan demi kemaslahatan ummat dan masyarakat luas, maka pimpinan persyarikatan (Wilayah dan Daerah) diperbolehkan untuk memberikan kriteria-kriteria moral dan kualitas yang berkaitan dengan kelayakan calon pejabat pemerintahan yang dicalonkan sebagai bentuk dari panggilan dakwah amar ma’ruf nahi munkar yang dilakukan secara santun, cerdas, terorganisasi, dan mengutamakan kemaslahatan umum serta bebas dari kepentingan-kepentingan pribadi.
Setiap wilayah dan daerah seakan-akan dipersuasi untuk memberikan kriteria dimaksud. Namun ada rujukan umum yang mesti dipedomani. Menurut SK ini, dalam butir ( 3) kualifikasi dan kriteria kepemimpinan yang sejalan dengan pandangan Muhammadiyah adalah sebagai berikut : (1) Integritas diri: beriman dan bertaqwa, memiliki kekuatan moral dan intelektual; serta menjadi uswah hasanah (teladan yang baik) sebagai pemimpin publik; (2) Kapabilitas: kemampuan memimpin dan mampu menggalang serta mengelola keberagaman/kemajemukan menjadi kekuatan yang sinergis; (3) Populis: berjiwa kerakyatan dan mengutamakan kepentingan rakyat; (4) Visioner: memiliki visi strategis untuk membawa bangsa/rakyat keluar dari krisis dan menuju kemajuan dengan bertumpu pada kemampuan sendiri (mandiri); (5) berjiwa negarawan, mampu membuka regenerasi kepemimpinan yang baik, dan mengedepankan kepentingan umum di atas kepentingan diri sendiri/kelompoknya; (6) Memiliki kemampuan untuk menjalin hubungan dengan berbagai lingkungan di dalam dan di luar; (7) Berjiwa reformis, yakni memiliki komitmen untuk menegakkan hukum dan membangun good governance ; (9) Menyelamatkan lingkungan hidup dan mampu mengelola sumber daya alam dengan sebaik-baiknya serta amanah; (10) Mampu memimpin dan membawa wilayah/daerah setempat ke kondisi yang lebih baik dan lebih maju di berbagai bidang kehidupan; dan (11) Mendukung atau minimal tidak anti-pati/bersikap negatif terhadap Muhammadiyah.
Dari (11) butir kriteria itu, kelihatannya hanya satu butir terakhir (angka 11) saja yang mengacu kepada sikap subyektif Muhammadiyah, yaitu tidak antipati kepada Muhammadiyah. Selebihnya dari butir (1) sampai (10), agaknya merupakan kriteria yang dapat dimanfaatkan semua golongan dan partai serta kelompok masyarakat. Bagi daerah-daerah tertentu dapat saja ditambah dengan kriteria lokal lainnya baik tentang adat istiadat maupun menurut dominasi sumber daya manusia, alam dan lingkungn setempat.
Bagaimana dengan kemungkinan adanya tokoh Muhammadiyah yang menurut kalangan Parpol atau menurut dirinya sendiri (independen) mau dan mampu menjadi calon Pilkada ? Apabila yang bersangkutan adalah pimpinan struktural Muhammadiyah pada tingkatannya atau badan pembantu pimpinan dan amal usaha lainnnya, maka terhadap hal ini SKPPM menawarkan untuk mengajukan izin ke instansi Muhammadiyah setingkat di atasnya dan setelah diizinkan, maka yang bersangkutan mesti melepaskan jabatan strukturalnya dalam Muhammadiyah. Keadaan itu dalam kalimat yang sedikit bervariasi berlaku pula untuk Tim Sukses. Mereka diminta untuk dinon-aktif-kan dari jabatan dalam Persyarikatan Muhammadiyah sampai selesai Pilkada.
Di luar itu, SKPPM ini meminta seluruh warga Muhammadiyah untuk menyukseskan Pilkada dengan mendorong Pilkada yang jujur, bersih, demokratis dan memihak kepada kepentingan rakyat, serta dapat mencegah dan menjauhkan diri dari praktik-praktik politik uang dan hal-hal yang melanggar norma-norma agama dalam Pilkada tersebut. Selanjutnya seluruh warga Muhammadiyah diminta untuk melaksanakan dan menggunakan hak pilihnya dengan sebaik-baiknya, cerdas, kritis dan mempertimbangkan kemaslahatan persyarikatan, ummat, masyarakat, wilayah dan daerah bersangkutan. Secara lebih lengkap, butir-butir lain dalam SKPPM tersebut adalah sebagai berikut:
Butir ( 4 ) apabila terdapat Anggota Pimpinan Persyarikatan (PWM/PDM/PCM/PRM) dan pimpinan Amal Usaha yang menjadi Calon dalam Pilkada maka yang bersangkutan harus mendapat idzin dari Pimpinan Persyarikatan di atasnya atau yang mengangkatnya serta harus melepaskan diri dari jabatannya. Butir ( 5 )apabila terdapat anggota Pimpinan Persyarikatan, Majelis, Lembaga, Organisasi Otonom, Amal Usaha, dan institusi-institusi lainnya dalam lingkungan Muhammadiyah yang menjadi anggota Tim Sukses Calon dalam Pilkada maka yang bersangkutan harus dinon-aktifkan dari jabatannya sampai selesai kegiatan Pilkada. Butir (6) kepada seluruh jajaran Pimpinan Persyarikatan maupun warga Muhammadiyah diminta untuk ikut mendorong dan menyukseskan Pilkada yang jujur, bersih, demokratis, dan memihak pada kepentingan rakyat, serta dapat mencegah dan menjauhkan diri dari praktik-praktik politik uang dan hal-hal yang melanggar norma-norma agama dalam pemilihan kepala daerah tersebut.
Butir ( 7 ) kepada anggota /warga Muhammadiyah dianjurkan untuk menggunakan hak pilihnya dengan sebaik-baiknya secara cerdas, kritis, dan mempertimbangkan kepentingan/kemaslahatan Persyarikatan, umat, dan masyarakat di wilayah/daerah yang bersangkutan. Butir ( 8 ) apabila terdapat masalah-masalah darurat yang bersifat situasional yang dihadapi Muhammadiyah setempat yang terkait dengan Pilkada tersebut maka Pimpinan Persyarikatan di daerah tersebut harus berkordinasi/berkonsultasi/berkomunikasi dengan Pimpinan Persyarikatan di atasnya. Butir ( 9 ) kebijakan/ketentuan ini berlaku hingga dicabut atau diganti oleh kebijakan/keputusan lain yang dikeluarkan oleh Pimpinan Pusat Muhammadiyah.
SKPPM tersebut kemudian diperkuat dengan keputusan dari Pengurus Wilayah Muhammadiyah ( PWM ) Jawa Timur yang juga mengeluarkan 5 butir pernyataan yang menyatakan sikap dan posisi PWM terkait dengan pilkada Jawa Timur. 5 butir pernyataan PWM Jawa Timur tersebut tentu tidak bertentangan dengan SKPPM yang telah dikeluarkan terlebih dahulu. Pada prinsipnya butir-butir pernyataan PWM tetap memperkuat posisi Muhammadiyah yang secara kelembagaan akan netral dalam Pilkada Jawa Timur dan secara aktif ikut serta dalam mensukseskan jalannya pesta demokrasi lokal tersebut. Secara lebih rinci, 5 butir pernyataan PWM Jatim adalah sebagai berikut.
Pertama, Pilgub ini adalah momentum penting untuk menentukan orang yang layak memimpin Jawa Timur. Karena itu, hendaknya masyarakat berpartisipasi aktif dengan cara menggunakan hak pilih untuk calon terbaik. Masyarakat Jawa Timur diharapkan menggunakan hak pilihnya atas dasar pertimbangan-pertimbangan obyektif untuk kepentingan seluruh masyarakat Jawa Timur, bukan untuk kepentingan kelompok tertentu.
Kedua, dalam seluruh kegiatan Pilgub, hendaknya masyarakat dewasa menghadapi issue dan provokasi dari pihak manapun yang mengadu domba masyarakat. Provokasi yang mencoba membenturkan antar kelompok adalah prilaku yang tidak mendidik.
Ketiga, PWM Jatim akan selalu memberi pendidikan politik sehingga masyarakat Jawa Timur mampu menggunakan hak politiknya dengan cerdas dan dewasa. Keempat, kepada seluruh masyarakat agar menjaga ketenangan dan ketenteraman selama masa Pilgub, dan ikut mengawal Pilgub agar berlangsung dengan aman dan jujur tanpa provokasi, ancaman, dan manipulasi perhitungan suara. Kekuatan moral, seperti Ormas, LSM, Ulama dan Intelektual perlu menunjukkan teladan yang terpuji dan tidak terlibat dalam tindakan yang tidak mendidik. Kelima, siapapun yang terpilih dalam Pilgub ini harus diterima dengan besar hati oleh seluruh masyarakat Jawa Timur, dan menjauhkan sikap anarki atau kekerasan lainnya yang akan mencederai al-akhlaq al-karimah.
Sangat jelas terlihat bahwa Muhamadiyah secara kelembagaan berupaya untuk tidak terjebak dalam politik praktis. Ini sangat penting untuk menjaga agar harmonisasi di antara warga Muhammadiyah bisa tetap kondusif dan tidak memicu munculnya konflik internal. Hal itu tampaknya sangat disadari oleh Muhammadiyah untuk tetap menjaga eksistensinya. Ada tiga tolok ukur, meminjam pendapat Bursan, yang digunakan sebagai standarisasi apakah Muhammadiyah akan tetap strong atau collapse di tengah dinamika yang ada.
Pertama, the idea of Muhammadiyah. Keberadaan Muhammadiyah masih dianggap eksis atau tidaknya bisa diukur dari masih ada atau tidaknya ide tentang Muhammadiyah di pikiran para warga dan kader Muhammadiyah. Kedua, organizational expression of Muhammadiyah. Eksistensi Muhammadiyah masih dianggap ada atau tidak, dapat dilihat dari berfungsi atau tidaknya struktur dari tingkat Pusat hingga Ranting. Ketiga, physical foundation of Muhammadiyah. Walaupun Muhammadiyah tidak memiliki batas-batas teritorial seperti negara, tetapi ciri ini bisa disamakan dengan seberapa besar kader-kader yang tetap loyal di Muhammadiyah, baik di struktur maupun di amal usaha. Jika ternyata orang yang duduk di jabatan amal usaha bukan kader ideologis, sudah hampir dipastikan ini juga merupakan tanda-tanda dari the end of Muhammadiyah.
SKPPM dan butir pernyataan PWM Jatim merupakan ekspresi dari idea of Muhammadiyah dan Organizational expression Muhammadiyah sebagai penekanan atas pentingnya eksistensi Muhammadiyah. Jika Muhammadiyah tidak mengambil posisi yang jelas, niscaya ada keraguan dari anggota persyarikatan tentang kriteria pemimpin yang akan mereka pilih dalam pilkada Jawa Timur. Konflik internal organisasi kemungkinan besar akan sangat terbuka seandainya Muhammadiyah tidak menyatakan sikapnya secara kelembagaan.
Surat Keputusan Pimpinan Pusat Muhammadiyah ( SKPPM ) dan 5 butir pernyatan PWM Jatim tersebut jelas akan mempengaruhi sikap dan orientasi politik warga Muhammadiyah. Meskipun secara kelembagaan Muhammadiyah secara tegas berada pada posisi yang netral, namun pada tataran praksis, desakan dari warga Muhammadiyah tentang siapa yang layak memimpin Jawa Timur akan memaksa beberapa tokoh Muhammadiyah di Jawa timur untuk menyebut salah satu nama calon Gubernur yang “direstui ” oleh Persyarikatan.
Hal ini diperkuat dengan pendapat Ustadz Muntholib , salah satu pengurus harian Muhammadiyah di Jawa timur, yang menyatakan bahwa:

“Secara kelembagaan Muhammadiyah itu netral, namun sejak awal beberapa tokoh Muhammadiyah memilih Soekarwo sebagai calon Gubernur, mengingat tokoh inilah yang paling sesuai dengan kriteria-kriteria pemimpin yang ditetapkan dalam SK PPM dan tidak benci kepada Muhammadiyah. Kebersamaan dengan pendukung yang lebih banyak akhirnya juga membawa Muhammadiyah cenderung memilih Soekarwo.”

Akan tetapi, tidak semua warga Muhammadiyah kemudian menentukan sikap politiknya dengan memilih Soekarwo sebagai calon Gubernur. Orientasi politik warga Muhammadiyah di Jawa Timur tetap beragam, karena dalam pilkada yang menjadi faktor penentu adalah kharisma tokoh, sedangkan calon Gubernur banyak yang berasal dari NU tidak dari Muhammadiyah, sehinggga pilihannya bisa sangat beragam. Orientasi politik warga Muhammadiyah pada Pilgub Jatim 2008 adalah menggunakan hak pilih dan berorientasi pada pasangan Cagub tertentu.
Dalam Pilgub Jatim 2008, Warga Muhammadiyah memastikan ikut berpartisipasi dengan menggunakan hak pilihnya. Sebagian besar warga Muhammadiyah Surabaya menggunakan hak pilih dan berorientasi pada pasangan Soekarwo-Saifullah Yusuf. Terdapat pula warga Muhammadiyah yang mempunyai orientasi politik pada pasangan Sutjipto-ridwan, namun tidak sebanyak kepada pasangan KARSA. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa orientasi politik Warga Muhammadiyah bersifat fragmented, yakni menunjukkan arah orientasi politik yang beragam.
Orientasi politik warga Muhammadiyah dipengaruhi oleh tiga aspek, yaitu pengaruh jangka panjang pada orientasi politik, pengaruh jangka pendek pada orientasi politik, dan pengaruh kelompok sosial pada hasil politik. Pengaruh jangka panjang pada orientasi politik salah satunya adalah kelompok pergaulan atau teman. Informasi mengenai Pilgub juga seringkali diperoleh melalui lingkungan pergaulan.
Pengaruh jangka pendek pada orientasi politik salah satunya adalah media. Media merupakan sumber utama warga Muhammadiyah Surabaya untuk memperoleh informasi tentang perkembangan Pilgub. Hampir semua responden menyatakan bahwa mereka memperoleh infomrasi seputar Pilgub melalui media, termasuk didalamnya adalah isu pemilihan, isu kampanye, dan debat.
Tahun pemilihan dan kampanye politik dapat mempengaruhi perilaku politik tertentu berdaarkan pada keterlibatan calon, yang mana mempunyai tingkat efektivitas yang berbeda dalam mempengaruhi pemilih. Dengan banyaknya kampanye Pilgub, Poster-poster, sedikit banyak mempengaruhi orientasi politik warga Muhammadiyah Surabaya. Aspek ketiga adalah pengaruh kelompok sosial pada hasil politik. Kelompok sosial termasuk diantaranya adalah organisasi Muhammadiyah yang mempengaruhi orientasi anggotanya.
Secara kelembagaan formal, Muhammadiyah dalam Pilkada Jatim 2008 adalah netral. Namun, secara informal, ada sosialisasi dari organisasi Muhammadiyah Surabaya kepada warganya yang sifatnya secara simbolik cenderung mengarahkan kepada salah satu calon. Muhammadiyah mengorganisasi warganya agar memilih pemimpin (Gubernur), tidak lepas dari kriteria pemimpin yang disampaikan dalam SK PP Muhammadiyah No. 61/KEP/1.0/B/2008 tentang kebijakan Pimpinan Pusat Muhammadiyah dalam menghadapi Pilkada.
Pengarahan tersebut berupa sosialisasi yang diberikan kepada anggota Muhammadiyah dengan memberitahukan kelebihan dan kekurangan masing-masing calon dan dampkanya kepada persyarikatan. Muhammadiyah Surabaya secara simbolik menyatakan dukungan kepada salah satu calon, Yaitu Soekarwo dan Saifullah Yusuf.
Sosialisasi Muhammadiyah terkait Pilgub yang mengarah pada salah satu kandidat Gubernur sebenarnya kurang efektif karena hanya berhenti pada level pimpinan cabang dari Ortom Muhammadiyah. Hal ini dikarenakan arahan Muhammadiyah yang berupa kriteria-kriteria maupun kualitas calon Gubernur baru disosialisasikan kepada warga Muhammadiyah mendekati jadwal Pilgub Jatim 2008, yakni 3 hari menjelang pemilihan.