Pemilihan putaran kedua telah meloloskan dua pasang kandidat yaitu KarSa dan KaJi. Meskipun saling berkompetisi demi memenangkan kontestasi politik, Syaifullah Yusuf (calon wakil gubernur dari pasangan KarSa) dan Khafifah Indar Parawansa (calon gubernur dari pasangan KaJi) sejatinya memiliki afiliasi ideologi yang sama. Keduanya adalah kader utama NU. Pada saat Pilkada, keduanya masih menjabat posisi strategis di dua lembaga otonom NU, Syaifullah sebagai ketua Gerakan Pemuda Anshor sementara Khafifah sebagai ketua Muslimat, organisasi perempuan terbesar milik NU. Sejak kedua tokoh muda NU tersebut memutuskan untuk bersaing dalam kancah Pilkada, isu pecahnya suara ulama NU telah mulai terdengar. Bukan suatu hal yang biasa, bagi warga NU mendapatkan izin politis dari para ulama adalah hal yang istimewa. Hal ini diakibatkan karena budaya NU yang dipandang masih tradisionil. Warga NU memiliki keterikatan dan kepatuhan yang sangat besar dengan para agamawan. Inilah, ketaatan dan kepatuhan para santri dan warga Nahdlyin seringkali disalah-gunakan oleh segelintir oknum yang ingin meloloskan kepentingan politisnya. Kondisi kultural seperti ini sangat rawan dengan bias kepentingan. Bila berkaca pada pengalaman silam, NU dan kancah politik bukan hal yang terpisah. Secara singkat, kader NU diperbolehkan terjun dalam arena politik demi menyebarluaskan misi dakwah NU untuk mewujudkan Islam sebagai agama yang menyejukkan semesta alam. Aktivitas politik NU telah lama terlibat dalam dunia politik. Pada era 1950an, dengan jelas dan lantang, NU mendukung suara politiknya dari masa ke masa, mulai dari terbentuknya partai Masyumi untuk beberapa dekade hingga akhirnya suara NU terakomodasikan oleh PPP. Namun, bergulirnya era reformasi di Indonesia paska runtuhnya rezim Soeharto, kesatuan suara pun terancam dengan kehadiran banyak partai politik yang mengaku berafiliasi dengan NU. Jadilah, kader politik NU terpecah. Seharusnya warga NU terlebih lagi para pemimpin dan ulamanya bisa mengambil arti pelajaran dan pengalaman yang penting dari sejarah. Alih-alih mencerahkan, perpecahan politik hanya akan memperburuk kondisi umat. Banyak pengamat konflik sosial berharap penyelenggaraan Pilkada Jawa Timur tidak akan memecah belah suara NU karena ini akan berkomplikasi pada efek detrimental yang tidak diinginkan. Akan tetapi, ekspektasi ini tidak terjadi selama Pilkada Jawa Timur, setahun yang lalu. Masing-masing kandidat sibuk mencari restu para ulama. Bipolarisasi politik melanda warga NU. NU terbelah menjadi dua kubu utama yakni antara pemilih pasangan Soekarwo-Syaifullah Yusuf (KarSa) dan pasangan Khofifah Indar Parawansa-Mudjiono (KaJi). Dengan mulusnya, KarSa dengan basis dukungan Partai Demokrat, PKS dan PAN mendapatkan restu dari kiai sepuh, karena mayoritas kiai sepuh masih memandang kepemimipinan perempuan dalam wilayah publik dan politik adalah hal yang tabu dan tidak sesuai dengan prinsip Islami. Sementara itu, KaJi yang didukung penuh oleh PPP dan aliansi 12 partai gurem tanpa ada embel-embel PKB, juga mengantongi dukungan politik penuh dari organisasi yang dipimpinnya,Muslimat, dan beberapa kiai langitan penting seperti Hasyim Muzadi. Tentu saja, banyak pihak yang mengkhawatirkan pecahnya kekuatan NU selama Pilkada Jawa Timur diselenggarakan. Hal ini akan mengancam peranan NU yang sebenarnya. Sejatinya, para ulama bisa memaksimalkan peran nya sebagai social control dan moral forces hingga bisa memantau kecurangan-kecurangan yang mungkin saja dilakukan oleh kader NU sendiri. Kondisi miris ini sangat bertentangan dengan semangat demokrasi yang baru sekitar lima tahun ini menerpa perpolitikan lokal di Indonesia. Kekuatan civil society sangat mempengaruhi perjalanan pelembagaan dan perwujudan substansial demokratisasi. Menurut Larry Diamond dan Brian C Smith, esensi dari demokratisasi pemerintah lokal adalah untuk memperluas kesempatan check and balances antara pemerintah lokal dan pemerintah pusat. Karenanya, pemerintah daerah sangat membutuhkan kemandirian dan kedewasaan politik para elit politik lokal dan civil society organization seperti NU , untuk melakukan kontrol sosial politik dan pendidikan politik bagi masyarakat. Hal ini, secara jelas, sesuai dengan khitah politik warga NU. Tidak ada yang salah jika perbedaan pandangan politik mekar di tubuh NU. Justru hal ini menandakan awal dari kedewasaan berpolitik itu sendiri. Namun, secara ideal, para kaum intelektual NU harus bisa memposisikan diri kapan dan dimana mereka harus mengenakan seragam jami’yyah (institusi) atau kendaraan politik pribadi. Apa yang terjadi di Pilkada Jawa Timur sangat berbeda dengan harapan idealita tersebut. Dalam pandangan Direktur Eksekutif Lembaga Survei dan Kajian Nusantara (Laksnu) Gugus Joko Waskito, kisruh pilkada Jawa Timur menjadi bukti bahwa kyai NU lebih memilih terlena menikmati “berkah” dari komparador politik daripada mengurus warga NU. Menurutnya lagi, NU secara institusi terbuai oleh pragmatisme politik sempit yang dimotori oleh kader dan petinggi organisasi. Bipolarisasi konfigurasi politik NU telah memunculkan stigma baru yaitu kyai vs santri. Kyai dipandang sebagai kekuatan penuh para “orang tua” yang tertuju pada KarSa sementara terminologi “santri” diarahkan pada “anak muda” yang melakukan perlawanan ideologi, yang merepresentasikan dukungan terhadap KaJi. Hal ini tentu sangat mempengaruhi kondisi psiko-sosial kader grass root NU yang barangkali apolitis dan acuh dengan sikap politik para kyai nya. Stigmatisasi dan fragmentasi ini berimplikasi pada degradasi kepercayaan public atau warga NU terhadap peran ulama dalam dimensi kehidupan yang lebih luas. Intervensi politik Hasyim Muzadi dengan segala maneuver politik nya dianggap sudah melampaui batas sehingga berpotensi memicu terjadinya keretakan sosial dan melemahnya ukhuwwah islamiyah di kalangan NU. Sebagai catatan penting, di Bojonegoro, telah ditemukan adanya indikasi melemahnya kepercayaan public terhadap peran ulama di Bojonegoro (baik selama Pilkada Bojonegoro maupun Pilkada Jawa Timur kemarin). Hal ini terjadi karena masyarakat sudah jenuh dengan drama politk yang dipertontonkan oleh beberapa kyai. Masyarakat memandang, kadang-kadang, tidak ada kesesuaian antara apa yang disampaikan dengan apa yang diperlakukan oleh banyak kiai NU. Lagipula, Kacung Maridjan membenarkan hal itu. Menurutnya, penurunan secara drastis atas dukungan atau bahkan kepatuhan santri dan warga NU terhadap keputusan politik para kiai dalam Pilkada dikarenakan polarisasi dukungan politik sejumlah kiai ke beberapa partai politik yang diawali pada Pemilu 2004 lalu. Jika kemudian di Jawa Timur telah terjadi bipolarisasi konfigurasi politik NU maka setidaknya realita ini juga memiliki tendensi atas pelemahan politik secara nasional. Jawa Timur seringkali dijadikan barometer politik nasional. Temperatur politik yang kian memanas di Jawa Timur selama penyelenggaraan Pilkada menjadi ancaman tersendiri bagi kader NU secara nasional mengingat Jawa Timur adalah basis utama dan terbesar massa NU di Indonesia.